Nederlandse ondernemers zijn vaak te laat met het aanvragen van subsidie. Twijfel over de geschiktheid van het project en gebrek aan kennis van subsidieregelingen, zijn de belangrijkste oorzaken voor het mislopen van subsidie.

Veel subsidieverstrekkers beoordelen subsidieaanvragen op volgorde van binnenkomst. Hierdoor kunnen goede projecten toch buiten de boot vallen doordat deze te laat binnenkomen en het subsidiebudget is uitgeput.
Ook weten ondernemers vaak niet dat subsidie bijna in alle gevallen moet worden aangevraagd vóórdat een project is gestart. De Energie Investerings Aftrek (EIA) vormt een uitzondering. EIA kan worden aangevraagd tot drie maanden na investering.